JR東日本によると5日朝からApplePayで「モバイルSuica」や「モバイルPASMO」のチャージおよび定期券・グリーン券の購入ができなくなっているそうだ。システム障害が原因であるという。復旧の見通しは立っていないと報じられている。JR東日本の担当者はAppleから「ネットワーク等の障害が発生している」と連絡を受けているという。この影響でモバイルSuicaなどで電車を利用したが、残高不足で改札から出られなくなる人なども出ている模様。ただiPhone Maniaの記事によるとチャージできることもある模様（JR東日本、日経新聞、読売新聞、朝日新聞）。

追記
JR東日本によると、上記のApple Pay関連の障害に関しては16時頃復旧したという。この問題の影響で定期券が利用できなかった、もしくはグリーン券を社内料金で購入したユーザーに関しては、返金などの対応を行うとしている。また合わせてApple Pay経由で定期券を購入できず、代わりにSuicaカードで購入したことにより、JRE POINTが付与されなかった場合、専用フォームからの申請でポイント（差分）を後日付与するとしている（2021年10月5日（火）のApple PayのSuica障害時の取扱いについて）。