G5クラスタで高速フーリエ変換

chiba-f 曰く、 "AppleがThe Advanced Computation GroupのページでG5クラスタの分散処理で大量のデータを高速フーリエ変換(FFT)するサンプルプログラムを公開していました．その概要は論文20040817_GigaFFT.pdfで読むことが出来ます．ソースコードはBSDライセンスで配布されます．" (つづく…)

"1次元と2次元，3次元のFFTに対応し，論文の中では1次元では約10億，2次元では32768×32768，3次元では1024×1024×1024のデータを処理するやりかたを述べています．実際のコードでは理論的には2の60乗（10の約18乗）のデータまで処理できるそうです．計算コードはMPI-FFTWをVelocity Engine (Alltivec)を含むG5システム(Power Mac G5, Xserve G5)に適合させたものを用いています．性能ですが，イーサネットでつながれた4台のPower Mac G5/Dual/2GHzでは約4GFLOPS（単精度），2GFLOPS（倍精度）だそうです．また，Myrinetでつながれた８台では約8GFLOPS（単精度），4GFLOPS（倍精度）だそうです．
膨大なデータをFFTで処理することは，たとえばスーパーコンピュータの演算結果などを可視化する際などに必要となります．ローレンスリバモア国立研究所では，X線回折データを単分子イメージにするのに３次元処理を1024×1024×1024のデータで行う必要があり，そのために16ノードのXserve G5クラスターを用いるそうです．"

聞いたことはあるし、

[j3259 (7093)]

多分知ってるんだけど、フーリエって何だっけ？て人へ

新　フーリエの冒険 Visual編 [nikonet.or.jp]

これ読んだら、「ああ、あれのことか」って分かりました。

Re:聞いたことはあるし、

[Anonymous Coward]

フランスの公務員をやっていたのは覚えてたけれど、
式は半分忘れかけてた。
学校で勉強した事なんてそんなもんさね。

ライセンス

[Anonymous Coward]

BSDライセンスで配布とあるのですが、ベースとなっているFFTWって確かGPLだったような？

FFTWはフリーですか？ [fftw.org]より

Question 1.3. Is FFTW free software?
Starting with version 1.3, FFTW is Free Software in the technical sense defined by the Free Software Foundation (see Categories of Free and Non-Free Software), and is distributed under the terms of the GNU General Public License. Previous versions of FFTW were distributed without fee for noncommercial use, but were not technically ``free.''

Non-free licenses for FFTW are also available that permit different terms of use than the GPL.

Question 1.4. What is this about non-free licenses?
The non-free licenses are for companies that wish to use FFTW in their products but are unwilling to release their software under the GPL (which would require them to release source code and allow free redistribution). Such users can purchase an unlimited-use license from MIT. Contact us for more details.

We could instead have released FFTW under the LGPL, or even disallowed non-Free usage. Suffice it to say, however, that MIT owns the copyright to FFTW and they only let us GPL it because we convinced them that it would neither affect their licensing revenue nor irritate existing licensees.

ええと、つまりQ1.4にしたがってAppleがライセンス料を払ってBSDでリリースしたということですか
それとも、GPLソフトウェアってそもそも勝手にBSDに置き換えられるものだっけ？（ぉ

Re:ライセンス

[wanwan (45)]

＞ええと、つまりQ1.4にしたがってAppleがライセンス料を払ってBSDでリリースしたということですか
＞それとも、GPLソフトウェアってそもそも勝手にBSDに置き換えられるものだっけ？（ぉ

元々の配布者（著作権者・制作者）との話でしたら、問題ないでしょう。
ただし、その前のバージョンはもうすでに出ちゃったものだから、BSDできるかどうかは疑問だし、たとえしたとしても意味がないのかもしれませんな。
実際、GPLなソフトだったものを、制作者が引っ込めた例はビデオ編集ソフトとかで結構あったりします。（無論、前のバージョンはGPLなので、誰かが公開すれば良いわけですが）

Re:ライセンス

[Anonymous Coward]

FFTW使って分散処理してるだけなの？
全ステージがシーケンシャル・アクセスになるバタフライ構成
使った方がずっとスピード上がるだろう．

3次元蛍光顕微鏡画像の

[shiraga (14233)]

Deconvolution（焦点面以外からのout of focusな光の除去：haze removal）が早くなってくれるといいな。(^^)

忘却の彼方

[masayang (13412)]

スペクトラムとか線形予測符号化とか逆Ｚ変換とか意味不明の単語が脳内を駆け巡っているが、なんのことか思い出せない...

卒論書いてからそろそろ２０年。　卒業研究と無関係の仕事に就いたからなぁ...

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---- 末は社長か懲戒免職 なかむらまさよし